高新技術企業(yè)認定專項審計指引是為指導和規(guī)范注冊會計師執(zhí)行高新技術企業(yè)認定專項審計業(yè)務，明確工作要求，保證執(zhí)業(yè)質量，滿足高新技術企業(yè)認定管理工作的需要所制定的指引。

高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

如果申報企業(yè)近三個會計年度的財務報表(含資產負債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限)未經會計師事務所審計，應同時委托進行財務報表審計。

此外有以下情況的，都需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計：

①凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。

②由于高新技術企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內企業(yè)應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業(yè)資格到期自動失效。

所以凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)復審的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。